Microsoft Authenticatorは、パスワードを入力した後にセキュリティの第2層を提供することにより、まだパスワードを使用している場合でも多要素認証（MFA）をサポートします。 2要素認証（TFA）でログインする場合、パスワードを入力すると、それが本当に本人であることを証明する追加の方法を求められます。 Microsoft認証システムに送信された通知を承認するか、アプリで生成されたワンタイムパスワード（OTP）を入力します。ワンタイムパスワード（OTPコード）には、30秒のタイマーがカウントダウンされます。このタイマーは、同じ時間ベースのワンタイムパスワード（TOTP）を2回使用する必要がなく、番号を覚える必要がないためです。ワンタイムパスワード（OTP）では、ネットワークに接続する必要がなく、バッテリーを消耗しません。

LinkedIn、Github、Amazon、Dropbox、Google、FacebookなどのMicrosoft以外のアカウントを含む複数のアカウントをアプリに追加できます。アプリは時間ベースのワンタイムパスワード（TOTP）の業界標準をサポートしているため、すべてのオンラインアカウントを保護できます。すべてのアカウントで2要素認証（TFA）を有効にします。次に、サインインするときに、通常どおりユーザー名とパスワードを入力します。最後に、Microsoft Authenticatorアプリが提供するワンタイムパスワード（OTP）を入力します。

特定のファイル、メール、アプリにアクセスするときに、職場や学校からMicrosoft認証システムのインストールを求められる場合があります。アプリを使用して組織にデバイスを登録し、職場または学校のアカウントを追加する必要があります。 Microsoft Authenticatorは、デバイスで証明書を発行することにより、証明書ベースの認証もサポートします。これにより、組織はサインインリクエストが信頼できるデバイスからのものであることを認識し、それぞれにログインすることなく、追加のMicrosoftアプリとサービスにシームレスかつ安全にアクセスできます。 Microsoft Authenticatorはシングルサインオンをサポートしているため、一度身元を証明したら、デバイス上の他のMicrosoftアプリに再度ログインする必要はありません。